На востоке от столицы Японии Токио располагается большой город Академия-сити. Назван он так потому, что 80 процентов его жителей - это студенты и школьники, а всего живёт там свыше двух миллионов человек. В реальности этого аниме существуют не только обычные люди, но и обладатели сверхспособностей, и дети, имеющие какую-то суперсилу, обучаются именно в Академия-сити. Там проживает и наш главный герой Тома Камидзё, обладающий силой "Нарушитель воображения”, которая уничтожает любую способность другого человека, направленную на Тому.
Однажды Тома повстречал странную девушку в одежде монашки. Имя у неё не менее чудаковатое - Индекс, сама она владеет магией, а в голове у Индекс содержится сто три тысячи запрещённых церковью гримуаров. Из-за такого количества информации она стала весьма ценным экземпляром, которым не прочь воспользоваться в нехороших целях. В третьем сезоне нас ждёт продолжение похождений Томы и Индекс и новые приключения в безумном мире сверхспособностей